ศาสนากับไสยศาสตร์มีความคล้ายคลึงกันหลายประการโดยเฉพาะศาสนาแบบชาวบ้านซึ่งมีการผสมผสานความเชื่อต่าง ๆ เข้าด้วยกัน ศาสนาและไสยศาสตร์เชื่อสิ่งเหนือธรรมชาติที่ไม่อาจพิสูจน์ได้ตามหลักวิทยาศาสตร์ มีพิธีกรรมหลายอย่างที่คล้ายกัน การปฏิบัติในชีวิตประจำวันในหลาย ๆ กรณีก็ไม่แตกต่างกัน
ความแตกต่างระหว่างศาสนากับไสยศาสตร์ที่สำคัญ คือ
ศาสนา เป็นแนวทางในการดำเนินชีวิตเพื่อเป้าหมายสูงสุดอันได้แก่ ความหลุดพ้นจากทุกข์ ความสุขอันสมบูรณ์ เมื่อจากโลกนี้ไปเป็นคำอธิบายถึงสาเหตุแห่งทุกข์และแนวทางปฏิบัติเพื่อการพ้นทุกข์นั้นซึ่งจะต้องปฏิบัติทุกวันจนตลอดชีวิต
ไสยศาสตร์ เป็นวิชาที่ว่าด้วยการควบคุมอำนาจอันลึกลับซึ่งเชื่อว่ามีอยู่ในโลก ในธรรมชาติ และในจักรวาล เพื่อให้อำนาจนั้นบันดาลให้เกิดผลที่พึงปรารถนา เช่น การรักษาโรค การทำเสน่ห์ยาแฝดให้ผู้คนหลงใหล การสักลายต่าง ๆ เพื่อความอยู่ยงคงกะพัน การแขวนวัตถุมงคลเพื่อให้พ้นภัย การทำอิทธิปาฏิหาริย์เพื่อให้เกิดผลที่ต้องการ การท่อง บ่นคาถา เป็นต้น
ไสยศาสตร์มีทั้งไสยศาสตร์ขาวซึ่งเป็นวิธีการให้เกิดผลดี โชคลาภและสิริมงคล เช่น การ รักษาโรคต่าง ๆ มีไสยศาสตร์ดำซึ่งกระทำเพื่อให้เกิดผลร้ายต่อผู้อื่น เช่น การเสกตะปูเข้าท้อง การทำร้ายด้วยเวทมนตร์คาถา เป็นต้น จะเท็จจริงแค่ไหนเป็นเรื่องที่ผู้คนจำนวนมากยังเชื่อกันอยู่ ไสยศาสตร์จึงเป็นเรื่องการใช้อำนาจลึกลับเพื่อผลประโยชน์เฉพาะหน้าให้ได้สิ่งของต้องประสงค์ไม่ใช่วิถีปฏิบัติ เพื่อผลระยะยาวที่ทำให้เกิดความร่มเย็นเป็นสุขและเพื่อความหลุดพ้น ไสยศาสตร์ยังอยู่ในความโลภและความปรารถนาสำหรับตนแม้อาจจะแก้ปัญหาระยะสั้นได้แต่ไม่อาจจะช่วยให้พ้นทุกข์ในระยะยาวได้
ศาสนาสอนให้มีความอ่อนน้อมต่อสิ่งศักดิ์สิทธิ์และอำนาจเหนือธรรมชาติปฏิบัติตามกฎเกณฑ์อย่างสม่ำเสมอ ไสยศาสตร์ทำให้คนเชื่อว่าตนเองมีอำนาจในการควบคุมอำนาจลึกลับต่าง ๆ เพื่อประโยชน์ของตน การปฏิบัติศาสนากลายเป็นเรื่องไสยศาสตร์ไปเมื่อคนปฏิบัติศาสนา โดยคิดแบบไสยศาสตร์ปฏิบัติเพื่อผลเฉพาะหน้าบนบานขอโชคลาภ เช่น การแขวนพระน่าจะมีความหมายเพียง เพื่อเตือนสติให้รำลึกถึงพระธรรมคำสอนของพระพุทธเจ้า คนจำนวนมากแขวนพระเพื่อเป็นเครื่องรางของขลังให้พระคุ้มครองรักษาโดยอาจจะไม่เคยคิดถึงพระธรรมหรือรักษาศีลเลยคนที่คิดเช่นนี้ย่อมสงสัยว่า ทำไมทำดีไม่ได้ดีเสมอไปทำไมคนชั่วจึงได้ดีมีบ่อยครั้ง คนที่ปฏิบัติศาสนาอย่างถูกต้องจะไม่สงสัยหลักธรรมข้อนี้เลยเพราะเขาทำดีเมื่อใดเขาก็ได้ดีในจิตใจเมื่อนั้นไม่ได้หวังผลตอบแทนเป็นลาภยศนอกนั้นชีวิตของเขาที่ประกอบแต่กรรมดีย่อมเป็นชีวิตที่ดีงามอยู่แล้ว
ทุกศาสนาจะมีปัญหาความสับสนระหว่างศาสนากับไสยศาสตร์เพราะศาสนิกจำนวนหนึ่งยังคงยึดติดกับความเชื่อที่ผสมผสานกับศาสนา ส่วนใหญ่เป็นความเชื่อท้องถิ่นซึ่งเกี่ยวข้องกับเรื่องผีมากที่สุดนอกนั้นถ้าหากความเชื่อในศาสนาไม่แข็งแกร่งพอก็ย่อมยังมีความโลภและความเห็นแก่ตัว วิธีคิดจึงยังคงเป็นไปเพื่อประโยชน์เฉพาะหน้าของตนมากกว่าที่จะคิดถึงคุณค่า ความดีงาม และความหลุดพ้น